Krátce po skončení II. světové války a znárodnění Neumannovy vily, která se stala sídlem nového královédvorského městského muzea, dal královédvorský rodák a pozdější krátkodobý ředitel Zoo Praha Otakar Štěpánek podnět pro založení zvířecích expozic. Na ploše 4,6 ha původní květinové zahrady pak přičiněním řady dobrovolníků pod vedením pozdějšího správce Josefa Fabiána vzniklo několik klecí a výběhů, které byly osazeny především nenáročnými středoevropskými zvířaty (lišky, jezevci, sovy, straky, srny aj.). Slavnostní otevření tohoto zookoutku pro veřejnost se konalo 9. května 1946.
V roce 1950 byl původní palmový skleník u vily přestavěn na první pavilon exotické zvěře, kde nalezly útočiště opice, cibetky, exotičtí ptáci a největší lákadlo zookoutku: lví kocour Rémus, vysloužilé cirkusové zvíře. Téhož roku se začaly stavět i nové výběhy pro kopytníky, v roce 1951 byli dovezeni první velbloudi a 20. listopadu 1951 bylo schváleno přejmenování zookoutku na Východočeskou zoologickou zahradu. Počty živočišných druhů i jedinců poměrně rychle rostly, v roce 1953 už zoo měla plochu 6,5 ha a vystavovala 59 druhů ptáků, 26 druhů savců a jeden druh plazů (želvy)
Největšího rozmachu se ZOO dočkala o necelých 20 let později, kdy v jejím čele stanul Josef Vágner. Lesník, přírodovědec, cestovatel, učitel, otec a nejvýznamnější ředitel zahrady.
Z legendárních expedic do Afriky se mu podařilo přivézt okolo tří tisíc zvířat, která nejen ve Dvoře Králové dala základ velmi cenným chovům. I díky němu můžeme dnes plnit naše hlavní poslání a vracet ohrožené druhy zpět do přírody.
S cílem odlišit se od jiných českých i evropských zoo prosadil u nás specializaci na Afriku a soustředil se na to, aby zvířata v lidské péči co nejvíce prosperovala – zvětšoval výběhy, klece nahrazoval příkopy, nechal vystavět moderně řešené pavilony. Jeho největším snem bylo však vybudovat safari podobné těm, které znával ze svých návštěv Afriky. Současně si uvědomoval, že zvířata v africké divočině začínají být ve stále větším ohrožení, a věřil, že jedním ze způsobů, jak jim pomoci, je dostat zástupce vybraných druhů do lidské péče a jakmile to situace dovolí, vracet jejich potomky zpět do přírody.
V letech 1967 – 1975 tak zorganizoval celkem devět velkých expedic do Afriky a Asie, odkud přímo pro dvorskou zahradu získal téměř dva tisíce zvířat. Vágnerovy transporty oproti ostatním vynikaly svou vysokou úspěšností co do počtu přeživších zvířat. Pro přesun se snažil vybírat silné jedince, u kterých byl přesvědčen, že cestu dlouhou tisíce kilometrů a aklimatizaci ve zcela novém prostředí mohou zvládnout.
Jeho sen se stal skutečností v roce 1989, kdy se dvorské safari poprvé otevřelo návštěvníkům. O 25 let později bylo na jeho počest přejmenováno na Africké safari Josefa Vágnera, v roce 2016 bylo prohlášeno kulturní památkou.
