Nejstarší název uličky byl prý Zlatnická, protože tu údajně v 16.století bydleli zlatníci. To je ale velmi nepravděpodobné, protože se jednalo o nejchudší část Hradčan. Další výklad názvu souvisí s alchymisty, kteří se tu měli pokoušet o výrobu zlata. Je také možné, že se jednalo o žertovné ironické pojmenování nuzné uličky.
V roce 1597 požádali „střelci při branách Pražského hradu“ císaře RudolfaII. o svolení, aby mohli v nově opravené zdi oblouky zazdít a zřídit si v nich komůrky, které by zabíraly jen hloubku výklenků. V reskriptu datovaném 16.září1597 Rudolf jejich zřízení povolil. „Červení střelci“, jak se jim podle barvy stejnokroje přezdívalo, nedostali nové příbytky darem. Stavěli si je vlastním nákladem a také je prodávali a kupovali, nejdříve mezi sebou a později i jiným osobám, které do jejich sboru nepatřily. Zpočátku to byli různí zaměstnanci Hradu – vrátní, hlídači, zvoníci apod., později i lidé, kteří ve Zlaté uličce sami nebydleli a domky dále pronajímali. Velmi brzy se domky začaly rozšiřovat do uličky různými přístavky a topeništi. Nové přístavky vznikaly i při protilehlé románské zdi a stěně hradního purkrabství. Prostor uličky byl nakonec tak stísněný, že místy nedosahoval na šířku ani jednoho metru.
Při asanaci v roce 1864 byly tyto přístavky, kotce a dřevěné kolny odstraněny a ponechány pouze domky podél severní hradby.
Ve druhé polovině devatenáctého století si obyvatelé uličky uvědomili ekonomický potenciál svých domečků a ze Zlaté uličky, opředené mýty a legendami, se stala důležitá atrakce pro turisty. Zvědaví hosté se mohli za poplatek podívat oknem do Jeleního příkopu, který byl jinak pro veřejnost uzavřen. Rovněž již od počátku dvacátého století byly pro návštěvníky připraveny pohlednice s výjevy každodenního života v uličce.
Po druhé světové válce Kancelář prezidenta Československé republiky domky od posledních majitelů vykoupila a celková úprava Zlaté uličky byla dokončena v roce 1955 pod vedením architekta Pavla Janáka. Barevné řešení fasád navrhl malíř a filmový tvůrce Jiří Trnka. V současné době se domečky ve Zlaté uličce využívají jako prodejny. Např. krámek s keramikou v čp. 23 o ploše 34 m² pronajímala Správa Pražského hradu na začátku roku 2020 za 200 000 Kč měsíčně.
