Muzeum se nachází v budově bývalého loveckého zámečku naproti vlakovému nádraží. Návštěvníci mohou zavítat do pěti stálých expozic:
Gotické umění na Děčínsku – Kromě celkových stavebních úprav muzejních prostor se nejstarší děčínské umění návštěvníkům představí v kompletně novém moderním výtvarném zpracování. S otevřením výstavy byl zahájen i prodej katalogu s barevnými vyobrazeními všech gotických plastik s podrobným popisem, na jehož obsahu se podílel kolektiv předních českých odborníků v oblasti gotického umění.
Město na louce – Středověké keramické střepy, kosterní pozůstatky či ukázky drobných kovových předmětů a mnoho jiných zajímavostí je součástí nově otevřené výstavy. Expozice sice už v minulosti patřila mezi stálé oblíbené výstavy, nyní si ji však návštěvníci mají možnost prohlédnout po několikaměsíční přestavbě. Expozice je věnována archeologickým výzkumům na Mariánské louce v 80. letech minulého století, díky nimž se podařilo zmapovat historii osídlení v této lokalitě.
Ptactvo Děčínska – V nově rekonstruované expozici ptactva, nyní nainstalované v nejmodernějších prosvětlených vitrínách, nejen uvidíte, ale i uslyšíte nejznámější i méně známé okřídlence toho kraje. Ti se vám představí v co možná nejvěrnější simulaci přirozeného prostředí. Někteří z vás možná dosud neslyšeli o existenci takových ptáčků, jako je bělořit šedý, moudivláček lužní, šoupálek dlouhoprstý, zvonohlík zahradní nebo králíček obecný.
Vývoj lodní dopravy na Labi – Expozice Vývoj lodní dopravy na Labi provede návštěvníka muzea její historií od počátků až do dnešních dnů. Od 40. let 19. století začal vzrůstat význam Děčína jako důležitého přístavu a překladiště. Kromě strategického, pohraničního místa na mapě k tomu přispěl i rozmach paroplavby. Děčín se nakonec stal i sídlem ředitelství podniku ČSPLO a bylo tu vytvořeno také učňovské středisko pro zájemce o obor lodní dopravy. Nejstarším exponátem je monoxyl – loď vydlabaná z jednoho kmene, typ plavidla, používaný v pravěku a převzatý ještě starými Slovany. V jednotlivých místnostech jsou vystaveny modely lodí, které převážely hlavně sůl mezi Litoměřicemi a Magdeburkem. Rozvoj plavby byl tak pevně spjat se solným obchodem. Lodě pluly po proudu pouze samotíží a s pomocí plachty, proti proudu pak byly vlečeny po potahových stezkách lidmi nebo koňmi. V expozici uvidíte také ojedinělý model této lodi.
Procházka starým Děčínem – Malá expozice v muzejní chodbě nás provede starým Děčínem. Přes propast času nahlédneme na bývalou tvář města v minulých stoletích, projdeme se zaniklými zákoutími městských uliček, hradeb a bran, navštívíme zaniklou hrobku Thun-Hohensteinů v Loretě na dnešním Masarykově náměstí, můžeme obdivovat odvahu jezdců na unikátních kostitřasech a vysokých kolech a posoudit přesnou mušku děčínských ostrostřelců na vystavených střeleckých terčích. To vše pod bedlivým dohledem barokních soch, které stráží obsahy malovaných truhel a vojenských pokladnic.
Mimo to se v muzeu pořádají krátkodobé výstavy.
