Severní část Moravského krasu je odvodňována říčkou Punkvou a jejími zdrojnicemi. Nachází se zde jeskynní systém Amatérské jeskyně, který s navazujícími jeskyněmi měří přes 40 km, což jej řadí k nejrozsáhlejším jeskyním systémům ve střední Evropě. Ve střední části Moravského krasu je hlavním jeskynním systémem 12 km dlouhé Rudické propadání. Zde mizí pod zem vody Jedovnického potoka a zpět na zemský povrch vyvěrají až u Býčí skály v Josefově.
Na území Moravského krasu je dnes evidováno přes 1 100 jeskyní. V řadě z nich jsou zachovány doklady dávno vyhynulého života i vývoje lidské společnosti. V jeskyni Kůlna je doloženo nejstarší osídlení Moravského krasu člověkem neandertálským z doby před 120 000 lety. Pozoruhodné jsou rovněž nálezy rytin koní a bizonů na koňských žebrech z jeskyně Pekárny.
V klidové zóně v NPR žijí vzácné druhy organismů. Ze zvířecí říše například sokol stěhovavý nebo rys ostrovid. Z rostlinné říše zde roste jelení jazyk celolistý, kruhatka Mattiolova a další.
