Byly i oběti na životech. V jedné ze synagog zahynulo kolem 150 lidí, kteří sem přišli hledat útočiště. Lidé umírali i na jiných místech. Oheň značně poškodil i jeden z do té doby nejvýraznějších panoramatických kostelů – chrám sv. Jakuba Většího na Starém Městě; ve své době jeden z nejvyšších a nejdelších gotických kostelů v Praze. Později byl opraven, ovšem dostal už moderní barokní kabát a byl zkrácen a zmenšen.
Po požáru se městem rychle rozšířila zpráva, že byl dílem Francouzů. Svatá říše římská, do které spadalo také České království, tehdy totiž vedla válku s Francií. Říká se jí devítiletá nebo válka o falcké dědictví a šlo o velmi rozsáhlý konflikt, ve kterém se většina západo- a středoevropských zemí, snažila zabránit francouzskému králi Ludvíku XIV. v další územní expanzi.
Požár z června roku 1689 tedy může být klidně i dílem náhody, anebo vyšinutých žhářů, kteří požár založili po vlivem dobové protifrancouzské hysterie. Ať tak či tak, významnou část historického centra Prahy tento požár naráz připravil o její středověkou tvář, kterou nahradila podoba barokní.