Barokní kostel sv. Františka Xaverského je součástí komplexu jezuitských budov. Je dominantou Masarykova náměstí, centra kulturního a společenského života města Uherské Hradiště. Pokud se přijedete do centra města jen na skok podívat, nemůžete tuto dominantu minout.
Jezuité přišli do Uherského Hradiště kolem roku 1643 z Kroměříže a v roce 1644 dostali z Říma povolení k založení koleje a k výstavbě kostela. Nejprve si budovali prostory potřebné pro svou činnost a teprve kolem roku 1670 přistoupili ke stavbě kostela sv. Františka Xaverského, prvního svatostánku v Čechách věnovaného tomuto významnému misionáři. Položení základů bylo nesmírně obtížné, protože stavitelé se museli vypořádat s nestabilním bažinatým podložím. Inspirovali se obdobnou technikou používanou v Benátkách. Projekt kostela vycházel ze slavného římského chrámu Il. Gesú, který byl vzorem pro barokní kostely jezuitů po celé Evropě.
O výzdobu kostela se postarali významní umělci té doby, většinou sympatizanti nebo příslušníci jezuitského řádu. Někteří z nich pracovali i v bazilice na Velehradě nebo na zámku v Buchlovicích. Hlavní oltářní plátno od Jana Jiřího Heinsche zpodobňuje sv. Františka Xaverského. Malíř Ignác Raab vytvořil oltářní obrazy v bočních kaplích, sochař Ondřej Schweigel je autorem plastik na oltářích. Součástí kostela je i kaple svaté Viktorie, patronky města. Ostatky této raně křesťanské světice byly do Uherského Hradiště převezeny z Kroměříže.
Vzhledem k blízkosti řeky Moravy se při povodních v roce 1997 kostel potýkal s řadou problémů především statického rázu. Mělo to však také svou světlou stránku. Při odstraňování následků velké vody byly po sejmutí vlhkých omítek v kapli svaté Viktorie objeveny fresky z roku 1681, které byly v 18. století překryty novou omítkou. Objevené fresky byly odkryty a restaurovány. Také barokní relikviář sv. Viktorie pocházející z této kaple byl podroben náročné a nákladné restaurátorské obnově a v srpnu roku 2006 byl instalován zpět.
