Jan Lucemburský v roce 1346 potvrdil klášteru majetková práva a poskytl mu ochranu, kterou pověřil Jana z Donína, potomka rodu, jenž byl účasten na založení kláštera. Karel IV. pak potvrdil práva i ochranu Marienthalu a přilehlému městečku Ostritz udělil právo vaření piva a obchodu se solí.
V roce 1368 napadli Ostritz žoldnéři Lužického šestiměstí ( Budyšín, Žitava,Kamenec, Zhořelec, Lobava a Lubáň) a zbořili jeho hradby a radnici. Klášter Marienthal prosperoval a bohatl až do roku 1427, kdy byl zpustošen husity. Jeptišky prchly do Zhořelce, kde setrvaly následujících 30 let.
V roce 1683 vyhořel, ale byl znovu obnoven. Jeho přestavba v barokním stylu trvala až do roku 1744. V roce 1707 byl klášter napaden Sasy a jeptišky uprchly tentokrát do Čech, útočiště našly v Zákupech. Později, v roce 1720, naopak saský král zachránil klášter před zrušením.
Od roku 1838 sloužila část kláštera jako sirotčinec a jeptišky se staraly nejen o výchovu, ale také o vzdělávání dětí. V roce 1897 byl Marienthal zasažen ničivou povodní, kdy se zřítil dokonce i most se sochou Jana Nepomuckého, patrona kláštera.
Za 2. světové války sloužil jako ústav pro děti a ke konci války jako vojenský lazaret. Po roce 1945 přišel klášter o zhruba třetinu svého území vytvořením nové státní hranice řekou Nisou.
Opět odolal pokusům o zrušení tentokrát ze strany komunistické NDR. V roce 1955 zde byl založen ústav pro postižené ženy a dívky, později také pro psychicky nemocné chlapce. Část kláštera si zabralo místní zemědělské družstvo na vepřín, menší část byla ponechána sestrám na dožití. Po roce 1989 se díky neuvěřitelné pracovitosti a houževnatosti sester začal klášter opět vzpamatovávat. V roce 2010 ho postihla rozsáhlá povodeň, ale i její následky řádové sestry zvládly.
Dnes můžeme vidět Marienthal opět v celé jeho kráse. Sestry zde žijí podle řádu sv. Benedikta a řídí se heslem Ora et labora – modli se a pracuj a je to všude vidět. Klášter je naprosto soběstačný, má vlastní pekárnu, pilu, vinohrad a zahradnictví, dokonce vlastní vodní elektrárnu. Provozuje restauraci a kavárnu, nabízí možnost ubytování, je zde obchod se suvenýry.