Pavilon akvárií je zajímavý již svým vstupem, neboť do šerého prostoru se zářícími akvárii se vstupuje průhledným tunelem. Je z velmi silného plexiskla, vzdorujícího okolním 10 tunám vody. V ní jsou majestátní ryby – vrubozubci paví.
Pavilon akvárií je věnován tropickým rybám i jiným živočichům, většinou takovým, kteří se obvykle nechovají v domácích podmínkách. Najdeme zde zástupce jak mořské, tak sladkovodní fauny.
V akváriích jsou ovšem vystaveny i zajímavé vodní rostliny. Například živé mořské řasy, patřící mezi rostliny stélkaté, představují ve srovnání s ostatními rostlinami velmi primitivní vývojový stupeň. Díky stálým podmínkám v oceánech nepodlehly modernizaci jako většina rostlin žijících na souších. Sladkovodní akvária nabízejí příklady různých možností dekorativních aranžmá. Jsou v nich použity osvědčené vodní rostliny, ale i druhy zřídka vídané. U každého akvária je k dispozici komentář.
Před vstupem do pavilonu s akvárii jsou umístěny vitríny s různými mořskými hvězdicemi, mušlemi. V jednom malém prostoru je i terárium s želvičkami a menším krokodýlem.
