2001
-
První umělý odchov koně Převalského na světě.
Byly otevřeny dva nové pavilony – Africký dům a pavilon goril.
V zoo zasedá EAZA.
2002
-
Srpnová povodeň zasáhla téměř polovinu území zoo.
2003
-
Příchod dvou nových slonů (samec Nagathan, samice Praya) a samce gorily nížinné Richarda.
Otevření pavilonu velkých želv po povodni.
Narození lachtana jihoafrického, pohrobka Gastona.
Znovuotevření pavilonu goril po povodni, návrat samice gorily nížinné ze Zoo Dvůr Králové + příchod nové samice z Anglie.
2004
-
Slavnostní otevření pavilonu Afrika zblízka a pavilonu Sečuán.
Otevření pavilonu šelem po povodni.
Otevření nové expozice plameňáků, pavilonu tučňáků, expozice gepardů a Vzdělávacího centra.
Příchod prvního páru varanů komodských v ČR.
Otevření nového pavilonu Indonéská džungle.
Narození první gorily nížinné v ČR – Moja.
2005
-
Otevření nových expozic: Dětská zoo, Příroda kolem nás, voliéry orangutanů a gibonů, expozice tygrů a levhartů, expozice dikobrazů, lemurů a ostrova kotulů, otevření expozice Vodní svět a Opičí ostrovy.
Otevření zrekonstruované venkovní expozice tučňáků.
Narození vyder malých a medojedů.
2006
-
Narození 50. mláděte žirafy Rothschildovy.
Reintrodukce orlosupa bradatého.
Úmrtí prof. Zdeňka Veselovského.
2007
-
Vylíhnutí prvních varanů komodských v ČR.
Narození 2. gorily nížinné v ČR – Tatu.
Otevření ostrova lemurů vari.
2008
-
Narození první krysy obláčkové v ČR.
Příchod gaviálů indických – první v Evropě.
Otevření nového pavilonu Čambal (pavilonu gaviálů) a nové expozic pro lamy a hyeny.
2009
-
PhDr. Petr Fejk odchází z pozice ředitele Zoo Praha – funkci zastával 12 let.
Otevření Papouščí stezky zakončené průchozí voliérou pro lori mnohobarvé horské a další australské ptáky.
Otevření kavárny Černohouska po kompletní rekonstrukci.
Výstavba rozhledny Obora.
Otevření nové expozice pro lachtany jihoafrické s velkým bazénem a prostornou tribunou pro návštěvníky.
Příchod bércouna skvrnitého do Afriky zblízka – tento druh není k vidění v žádné jiné zoo světa.
Vylíhnul se první kasuár přilbový po 10 letech.
Vylíhla se ketupa malajská.
Odchov 7 mláďat varana komodského.
2010
-
Ředitelem Zoo Praha se stává Mgr. Miroslav Bobek.
Otevření rozsáhlé expozice vodních ptáků Ptačí mokřady s člunozobci africkými a jeřáby laločnatými.
Znovuotevření velké voliéry dravců po rekonstrukci.
Otevření expozice pro teplomilné druhy sov.
Položení základního kamene budoucí soustavy expozic pro slony indické, hrochy obojživelné a antilopy, která je největší investiční akcí v dějinách českých a slovenských zoo.
Odchov 20 mláďat varana komodského.
Evropský prvoodchov želvy texaské, promyky červené a holuba podkovního.
Příchod dvou želv obrovských.
Příchod klokanů novoguinejských, damanů stromových a tapírů čabrakových – všechna zvířata jsou v zoo raritní.
