Je synem významného českého hudebního skladatele Petra Ebena a Šárky Ebenové, rozené Hurníkové, a synovcem skladatele Ilji Hurníka. Jeho manželkou je Markéta Fišerová.
Spolu se svými dvěma bratry (Davidem a Kryštofem) vystupuje ve skupině Bratři Ebenové.
Je považován za jednoho z nejlepších českých moderátorů, opakovaně se umístil v divácké anketě Týtý na prvním místě v kategoriích moderátor publicistických pořadů či osobnost zábavných pořadů[1]. Vysoce ceněn je zejména jeho jemný a inteligentní humor.
V roce 1979 vystudoval hudebně-dramatický obor Pražské konzervatoře a poté získal angažmá v Divadle Vítězslava Nezvala v Karlových Varech a v Divadle Jaroslava Průchy v Kladně. Ve Studiu Ypsilon působil od roku 1983 do roku 2002. Účinkoval zde např. v inscenacích Divadlo za časů Nerona a Seneky, Vosková figura, Amerika, Sebevrah. V současné době jako host hraje v Prodané nevěstě a Praze stověžaté.
Je autorem hudby a písní k inscenacím Matěj Poctivý, Vosková figura, Othello, Amerika. Hudbu píše i pro jiná divadla, například pro Zimní pohádku. Marek Eben vytvořil texty písní, hudbu nebo dabing mnoha různých hudebních nahrávek pro děti. Například hudbu k Poste restante (seriál) a rep na začátek každého dílu.
Je vedoucím folkové skupiny Bratři Ebenové, která svá alba vydává u společnosti Sony. Od roku 2000 spolupracoval s vydavatelstvím Supraphon.
Zlatou desku a dokonce dvojnásobnou Platinovou desku získal v roce 2003.
Napsal několik textů písní Vladimíra Mišíka a Jaroslava Nejezchleby.
