Kostel se nachází v nejstarší mladoboleslavské části Karmeli. Nyní je kostel odsvěcený a slouží k pořádání výstav, svateb, koncertů a jiných společenských akcí. V polovině 14. století sloužil kostel jako benediktinský klášter, ale odhaduje se, že vznikl mnohem dřív. V klášteře byla v 15. až 17. století zřízena bratrská škola českých bratří. Po bitvě na Bílé hoře se areál dostal do rukou katolické církve a ta jej v barokním slohu přestavěla. V roce 1784 – 85 zde piaristé zřídili gymnázium a kolej, která se předtím nacházela v Kosmonosech. Kostel byl ve 20. století zcela zdevastován a sloužil jako sklad Okresního bytového družstva.
Po revoluci objekt dál bezostyšně chátral až do roku 2007, kdy bylo otevřené Vzdělávací centrum Škoda Auto Na Karmeli. Firma Škoda Auto a.s. vedle kostela vybudovala svojí vysokou školu a v rámci projektu zrekonstruovala a otevřela i kostel sv. Bonaventury. Dokonale propojila současnou moderní architekturu s renovací kostela a přilehlého okolí. Nyní kostel opět září, jako v době své největší slávy.
